Otto Thott (1703-1785) efterlod sig ved sin død et bibliotek på henved 140.000 bind. Thott havde testamentarisk bestemt, at alle håndskrifter og palæotyper skulle overgå til Det Kongelige Bibliotek. Han havde ligeledes bestemt, at der skulle trykkes to fortegnelser over de ialt 4154 håndskrifter og 6159 bøger trykt før 1530, der tilgik biblioteket. Disse fortegnelser udkom i 1795 i syvende bind af Bibliotheca Thottiana, som appendiks til de seks bind med katalogen over trykte bøger, der blev solgt på auktion.
Fortegnelsen over håndskrifter, Index codicum manuscriptorum, udgør siderne 273-537 i dette bind. Den bygger i store træk på en håndskreven fortegnelse, som blev udarbejdet i forbindelse med overdragelsen af håndskrifterne til Det Kongelige Bibliotek. Håndskrifterne er anført efter formater (1343 numre in folio, 2210 in quarto og 601 in octavo et forma minori).
Nummereringen begynder forfra i hvert format, således at signaturen på et håndskrift udover samlingsnavnet består af et nummer og angivelse af format. Indenfor de tre formater er håndskrifterne underinddelt i emner efter deres indhold.
Den Thottske Samling rummer håndskrifter af enhver art - danske og udenlandske, verdslige og kirkelige, fra den tidlige middelalder til 1700-tallet - og den har dybde og kvalitet på næsten alle felter.
Beskrivelsen af de enkelte håndskrifter er summarisk, men Index codicum manuscriptorum er fortsat den eneste samlede oversigt over håndskrifterne i den Thottske Samling.